Dans le livre I, chapitre 6 de son Paedagogus (L'instructeur des enfants), saint Clément affirme que l'Eucharistie est à la fois symbolique et la Présence réelle, c'est-à-dire le corps et le sang, l'âme et la divinité de Jésus-Christ. Il aborde tout d'abord la valeur symbolique de l'eucharistie :

Ailleurs, le Seigneur, dans l'Évangile selon Jean, l'a fait ressortir par des symboles, lorsqu'il a dit : "Mangez ma chair et buvez mon sang" : Mangez ma chair et buvez mon sang ; Jean 6:34 décrit distinctement par métaphore les propriétés buvables de la foi et de la promesse, grâce auxquelles l'Église, comme un être humain composé de nombreux membres, est rafraîchie et grandit, est soudée et compacte des deux - de la foi, qui est le corps, et de l'espérance, qui est l'âme ; comme aussi le Seigneur de la chair et du sang.

Plus loin dans le même chapitre, il affirme la Présence réelle :

Mangez ma chair, dit-il, et buvez mon sang (Jean 6:53-5). Telle est la nourriture appropriée que le Seigneur dispense ; il offre sa chair et verse son sang, et rien ne manque pour la croissance des enfants. Ô mystère étonnant ! Il nous est enjoint de nous débarrasser de l'ancienne corruption charnelle, ainsi que de l'ancienne nourriture, et de recevoir en échange un nouveau régime, celui du Christ, de le recevoir si nous le pouvons, pour le cacher à l'intérieur, et que, en enchâssant le Sauveur dans nos âmes, nous puissions corriger les affections de notre chair.

Si l'Eucharistie n'était qu'un symbole, elle ne serait pas un "mystère étonnant". La présence réelle est encore affirmée par saint Clément, qui affirme que nous cachons le Christ en nous en recevant l'Eucharistie, "enchâssant le Sauveur dans nos âmes". Cela ne peut se produire si l'Eucharistie n'est que du pain et du vin et donc seulement un symbole de son corps et de son sang.