Jean-Paul II n'a jamais excommunié personne durant son règne en tant que pape. Sous son règne, certaines personnes ont encouru ce que l'on appelle une excommunication latae sententiae ou automatique, comme le père Tissa Balasuriya, moderniste radical, qui a commis une hérésie, et l'archevêque Marcel Lefebvre, traditionaliste radical, qui s'est excommunié lui-même en consacrant des évêques sans mandat papal. Ces deux délits entraînent une excommunication latae sententiae en vertu du droit canonique.

Il n'y a jamais eu de cas où Jean-Paul II a excommunié quelqu'un directement, mais il a émis ou approuvé des avis selon lesquels certaines personnes, y compris celles mentionnées ci-dessus, ont elles-mêmes encouru l'excommunication latae sententiae par leurs actions.