Selon l'Évangile de Matthieu, le père de saint Joseph était Jacob (Matthieu 1:16). Selon l'Évangile de Luc, son père était Héli (Luc 3:23).

Diverses explications ont été proposées pour expliquer cette difficulté, mais celle qui a été la plus acceptée est que Jacob et Héli étaient demi-frères (même mère, pères différents). Il est proposé que Héli ait été marié mais qu'il soit mort avant d'avoir une descendance. Jacob aurait alors épousé la veuve d'Héli dans le cadre d'un "lévirat" (Deut. 25:5-6), et ce mariage aurait donné Joseph comme descendant. Jacob serait ainsi le père biologique de Joseph, mais Héli serait le père légal.

Pour ce qui est de l'identité de la mère de saint Joseph, il n'existe aucun récit, ni dans l'Écriture ni dans la tradition. Cela n'a rien d'inhabituel, étant donné qu'à l'époque, le droit séculier et religieux considérait que la lignée du père était importante et qu'elle était donc préservée.