C'est saint Paul, dans la lettre aux Galates du Nouveau Testament, qui dit : "Que personne ne me trouble, car je porte sur mon corps les marques du Seigneur Jésus" (Gal. 6, 17). C'est ainsi qu'au cours des siècles, un certain nombre de chrétiens ont reçu la grâce de porter sur leur corps les stigmates, c'est-à-dire les marques des blessures de Jésus ; beaucoup d'entre eux étaient de grands saints, comme François d'Assise, Catherine de Sienne et, bien sûr, Padre Pio.
Il ne s'agit pas d'une cruauté ou d'une torture, mais plutôt d'une grâce d'être profondément uni au Christ dans ses souffrances pour le bien des pécheurs. En effet, tous les chrétiens doivent participer aux souffrances du Christ, chacun à sa manière. Jésus nous dit dans l'Évangile que quiconque veut être son disciple doit prendre la croix et le suivre. Il a même partagé la croix avec saint Simon de Cyrène, qui l'a portée pendant un certain temps pour Jésus sur le chemin du Calvaire.
L'Évangile de Luc nous raconte comment l'âme de Marie devait être transpercée par un glaive de douleur à la mort de son Fils. Saint Paul, dans le premier chapitre de la lettre aux Colossiens, nous dit qu'il compense ce qui manque, ce qui reste, dans la souffrance du Christ pour le corps du Christ, qui est l'Église. Les stigmates doivent donc être compris à la lumière de la norme universelle d'être un disciple du Sauveur crucifié, c'est-à-dire que nous portons chacun notre croix avec lui.