La franc-maçonnerie est incompatible avec la foi catholique. La franc-maçonnerie enseigne une religion naturaliste qui embrasse l'indifférentisme, la position selon laquelle une personne peut être également agréable à Dieu tout en restant dans n'importe quelle religion.
La maçonnerie est une religion parallèle au christianisme. La Nouvelle Encyclopédie Catholique déclare : "La franc-maçonnerie présente tous les éléments d'une religion et, en tant que telle, elle devient une rivale de la religion de l'Évangile. Elle comprend des temples et des autels, des prières, un code moral, un culte, des vêtements, des jours de fête, la promesse d'une récompense ou d'une punition dans l'au-delà, une hiérarchie et des rites d'initiation et d'enterrement".
La maçonnerie est également une société secrète. Ses initiés souscrivent à des serments de sang secrets qui sont contraires à la morale chrétienne. Le futur maçon jure que s'il révèle un jour les secrets de la maçonnerie - des secrets insignifiants et déjà connus - il s'exposera à une automutilation ou à une exécution atroce. (La plupart des francs-maçons, il est vrai, ne songeraient jamais à infliger ces châtiments à eux-mêmes ou à un membre égaré).
Historiquement, l'un des principaux objectifs de la franc-maçonnerie a été la destruction de l'Église catholique ; cela est particulièrement vrai pour la franc-maçonnerie telle qu'elle a existé dans certains pays européens. Aux États-Unis, la franc-maçonnerie n'est souvent guère plus qu'un club social, mais elle épouse toujours une religion naturaliste qui contredit le christianisme orthodoxe. (Les personnes souhaitant adhérer à un club d'hommes devraient plutôt se tourner vers les Chevaliers de Colomb).
L'Église a imposé la peine d'excommunication aux catholiques qui deviennent francs-maçons. La peine d'excommunication pour l'adhésion à une loge maçonnique était explicite dans le code de droit canonique de 1917 (canon 2335), et elle est implicite dans le code de 1983 (canon 1374).
Le code révisé du droit canonique n'étant pas explicite sur ce point, certains ont conclu à tort que l'interdiction de la franc-maçonnerie par l'Église avait été abandonnée. En raison de cette confusion, peu avant la promulgation du code de 1983, la Sacrée Congrégation pour la Doctrine de la Foi a publié une déclaration indiquant que la sanction était toujours en vigueur. Cette déclaration était datée du 26 novembre 1983 et peut être consultée dans Origines 13/27 (15 novembre 1983), 450.