Pour qu'un sacrement soit valide, il faut deux choses : une matière valide et une intention valide.
L'Église interprète largement l'intention valide. Pour que l'intention soit valide, il suffit que la personne ait l'intention de faire ce que l'Église a l'intention de faire.
Le catéchisme de l'Église catholique :
Tel est le sens de l'affirmation de l'Église selon laquelle les sacrements agissent ex opere operato (littéralement : "par le fait même de l'action"), c'est-à-dire en vertu de l'œuvre salvatrice du Christ, accomplie une fois pour toutes. . . . Dès lors qu'un sacrement est célébré selon l'intention de l'Église, la puissance du Christ et de son Esprit agit en lui et par lui, indépendamment de la sainteté personnelle du ministre (1128, italiques ajoutés).
Comme le note saint Thomas d'Aquin dans sa Somme théologique :
Par conséquent, d'autres, avec une meilleure raison, soutiennent que le ministre d'un sacrement agit en la personne de toute l'Église, dont il est le ministre, tandis que dans les paroles qu'il prononce, l'intention de l'Église est exprimée, et que cela suffit pour la validité du sacrement (III, q. 64, a. 8).
Dans la situation que vous décrivez, où le prêtre baptise mais son esprit vagabonde, le sacrement reste valide. L'intention générale du prêtre est de baptiser comme le veut l'Église, même si son esprit vagabonde pendant le sacrement, l'intention demeure.