Ni l'un ni l'autre. Il y a deux façons de parler de la "création" de Dieu, et les scientifiques et naturalistes que vous mentionnez utilisent le terme différemment de la Genèse. Précisons ce que dit la Genèse : "Ainsi furent achevés les cieux et la terre, et tout ce qui les compose. Comme Dieu avait achevé au septième jour l'œuvre qu'il avait entreprise, il se reposa au septième jour de toute l'œuvre qu'il avait entreprise. Dieu bénit le septième jour et le sanctifia, parce qu'il se reposa au septième jour de tout le travail qu'il avait fait dans la création.
Remarquez que le passage ne dit ni n'implique qu'aucune création supplémentaire ne serait à venir, mais simplement que l'œuvre initiale de création du Seigneur (voir Gn 1:1-31 pour plus de détails) avait été achevée. Le bon sens nous dit que tout ce que Dieu allait créer n'a pas été créé à ce moment-là. Après tout, chaque âme humaine est une création ultérieure, puisque l'âme est créée directement par Dieu au moment de la conception - elle ne dérive pas de l'âme des parents.
Mais Dieu crée dans un autre sens. Dans Genèse 1, le Seigneur a donné naissance, ex nihilo, à toute la matière qui existera jamais. Au cours des éons qui ont suivi, il a créé les différentes parties de l'univers physique à partir de cette matière primordiale. Les étoiles, les comètes et les nébuleuses, par exemple, se sont formées, désintégrées et reformées (plusieurs fois, probablement) à partir de la même matière. Il en va de même pour la vie végétale et animale sur terre sous toutes ses formes.
Nous nous rendons compte que cette vache qui se tient dans un pâturage n'est apparue que récemment. La vache est véritablement l'une des créations de Dieu, bien qu'elle ait été créée par Dieu indirectement ; les éléments constitutifs de son corps existent depuis la création initiale ex nihilo de Dieu, il y a des éons, et ont été "recyclés" d'innombrables fois avant de constituer cette vache en particulier.
Un menuisier peut dire à juste titre qu'il a "fabriqué" une chaise, même si, bien sûr, il l'a façonnée à partir d'un bois préexistant provenant d'un arbre préexistant. Dieu ressemble à ce charpentier lorsqu'il crée de nouvelles étoiles ou de nouveaux êtres humains, mais il lui est différent car, contrairement au charpentier, il a également créé les matières premières avec lesquelles il travaille.
En gardant cela à l'esprit, nous pouvons voir que la Genèse met l'accent sur la finalité de la création par Dieu de la matière primordiale et de tous les premiers végétaux, animaux et êtres humains dont il a orné la terre nouvellement créée, tandis que les scientifiques soulignent (qu'ils le réalisent ou non) que Dieu continue à créer de nouvelles choses dans le domaine matériel en ce sens qu'il les façonne à partir de la matière préexistante de sa création initiale. Les deux utilisations de l'idée sont correctes.