Tout d'abord, nous ne savons pas quand Jean-Paul II a pris pleinement conscience de l'ampleur du problème des abus sexuels commis par des prêtres. Il faut garder à l'esprit qu'il est peu probable qu'un pape puisse être immédiatement au courant de l'existence de prêtres abusifs dans les communautés chrétiennes locales. La personne la plus directement responsable de la surveillance des prêtres est l'évêque d'un diocèse ou le supérieur religieux de la communauté à laquelle appartient un prêtre. Si le supérieur ne signale pas le problème au pape, ce dernier ne peut être tenu personnellement responsable de ce qu'il ignore.
Cela dit, au début des années 2000, après la révélation de la crise des abus commis par le clergé aux États-Unis, nous savons que Jean-Paul II savait certainement qu'il y avait un problème. Dans les premiers jours de la crise, il a été rapporté que le Vatican était lent à réagir, mais nous savons également que Jean-Paul II a finalement chargé le cardinal Joseph Ratzinger, alors préfet de la Congrégation pour la doctrine de la foi, d'accélérer la laïcisation des prêtres abusifs et de réformer le droit de l'Église afin que les évêques soient tenus pour responsables de l'absence d'action appropriée en réponse à des cas d'abus.
Quant à la question de savoir comment Jean-Paul II pourrait être canonisé, il y a deux choses : Premièrement, sa cause a été examinée par la Congrégation pour les causes des saints, et son dossier sur le scandale des abus a sans aucun doute été examiné de près avant que sa cause ne progresse. Deuxièmement, les manquements à la prudence et même les péchés personnels n'empêchent pas nécessairement une personne d'être nommée sainte. La servante de Dieu Dorothy Day a déclaré un jour : "J'ai depuis entendu un prêtre de nos amis faire la sombre remarque que l'on pouvait aller en enfer en imitant les imperfections des saints".
Pour plus d'informations, je vous recommande mon article Les imperfections des saints.