Le contexte est important. Au chapitre 22 du livre 1, Thomas dit :

Lorsque vous êtes troublés et affligés, c'est le moment d'acquérir du mérite. Il faut passer par l'eau et le feu avant de trouver le repos. Si tu ne te fais pas violence, tu ne vaincras pas le vice.

Thomas parle ici de faire la guerre à nos passions et de remplacer le vice par la vertu. Dans ce cas, faire violence signifie se repentir de nos péchés et grandir en sainteté, ce qui peut être un processus douloureux mais positif par lequel nous "faisons violence à nous-mêmes" par le biais de diverses disciplines spirituelles. Comme l'a dit saint Paul dans un contexte différent mais apparenté, la puissance de Dieu atteint la perfection dans notre faiblesse (2 Cor. 12:8-10).

De même, au chapitre 24 du livre 1, Thomas écrit,

L'homme patient traverse un grand et salutaire purgatoire lorsqu'il s'afflige plus de la malice de celui qui lui fait du mal que de sa propre blessure ; lorsqu'il prie volontiers pour ses ennemis et pardonne les offenses de tout son cœur ; lorsqu'il n'hésite pas à demander pardon aux autres ; lorsqu'il est plus facilement ému par la pitié que par la colère ; lorsqu'il se fait souvent violence à lui-même et s'efforce de soumettre complètement le corps à l'esprit (c'est nous qui soulignons).