Ceux qui affirment que "les scanners cérébraux prouvent le transgendérisme" ont seulement montré que certaines personnes souffrant de troubles de l'identité, liés au genre ou autres, peuvent également présenter des anomalies cérébrales identifiables. La vérité est que leur cerveau ne "correspond" pas à l'autre sexe biologique. Ils ne partagent que certaines caractéristiques. En fait, il n'existe pas de cerveau "masculin" ou "féminin" unique, mais des traits communs à tout un spectre.

Le fait que le cerveau des personnes transgenres ressemble au genre auquel elles s'identifient mais ne lui corresponde pas correspond à ce que nous attendons de quelqu'un qui ressemble à quelque chose d'autre dans la réalité à certains égards, comme dans ses préférences, mais qui ne correspond pas à cette réalité d'un point de vue biologique. Le fait que le cerveau d'un homme puisse être similaire à celui d'une femme moyenne à certains égards ne prouve pas que l'homme soit réellement une femme. Les personnes souffrant de troubles dissociatifs de l'identité (ou de troubles de la personnalité multiple) présentent également des anomalies cérébrales, mais cela ne prouve pas qu'elles sont plus d'une personne.

Enfin, ces arguments prouvent aussi indirectement que le sexe est biologique, car l'affirmation selon laquelle le cerveau d'une femme transgenre ressemble à celui d'une femme biologique montre qu'il existe une différence entre les "femmes transgenres" et les "femmes biologiques". Les deux ne sont pas simplement des "femmes". La seule façon d'affirmer cela est qu'il existe déjà une classe de référence appelée "femmes biologiques" qui peut être regroupée pour des expériences de scanners cérébraux.