La "purification" consiste à s'assurer qu'aucun élément eucharistique ne reste dans les vases sacrés, que ce soit sous l'apparence du pain ou du vin. Cela se fait par grand respect pour le corps sacré et le sang précieux du Christ.
Après le rite de la communion, le prêtre ou le diacre recueille et consomme les fragments restants des hosties consacrées. Ensuite, avec la main, le prêtre ou le diacre transfère dans le calice les petites particules d'hosties restées dans le ciboire ou sur la patène.
De l'eau est ensuite ajoutée aux éléments eucharistiques restants dans le calice, généralement avec l'aide d'un servant d'autel, purifiant ainsi les doigts du prêtre ou du diacre qui ont manipulé les hosties consacrées. Le prêtre ou le diacre consomme ensuite les éléments eucharistiques restants dans le calice.
Ensuite, le prêtre ou le diacre utilise un purificateur pour enlever les éléments eucharistiques qui restent dans le calice. Le purificateur est nettoyé après la messe, souvent par un sacristain, et les éléments dilués, qui ne contiennent plus la Présence réelle, sont versés dans un sacrarium qui évacue la solution directement dans le sol plutôt que dans le réseau d'égouts local, un hommage supplémentaire à la Présence réelle substantielle qui existait autrefois sous les apparences du pain et du vin.
Pour plus d'informations sur la purification des vases sacrés, voir cette réponse du Père Charles Grondin.