Il est vrai qu'à l'origine, Jérôme n'acceptait pas 2 Maccabées comme Écriture et n'aurait donc pas utilisé les textes du livre pour soutenir la croyance au purgatoire. Mais cela ne remet nullement en cause la canonicité de 2 Maccabées.

Tout d'abord, les catholiques ne considèrent pas les premiers Pères de l'Église comme infaillibles. Il faut donc s'attendre à ce que certains Pères enseignent des choses qui ne sont pas cohérentes avec les enseignements définis ultérieurement.

Deuxièmement, il existe des preuves que Jérôme a accepté plus tard les parties deutérocanoniques de Daniel en dépit de la croyance des Juifs de son époque qu'elles ne constituaient pas l'Écriture. Dans sa réponse à Rufin (11:33, 402 ap. J.-C.), Jérôme précise que c'est le jugement de l'Église qui doit fixer le canon. Il écrit : "Quel péché ai-je commis si j'ai suivi le jugement des Églises ?".

Jérôme finira également par inclure tous les deutérocanoniques dans son édition Vulgate des Écritures.

Ainsi, plutôt que la négation initiale par Jérôme de la canonicité de 2 Maccabées ne sape l'acceptation par l'Église des deutérocanoniques dans le canon, l'histoire dont sa négation fait partie la soutient en réalité.