Il y avait des disparités entre les anciennes versions de la Septante, et l'Église n'a pas accepté sans critique tous les livres énumérés dans les différentes versions.
1 et 2 Maccabées, qui sont canoniques, traitent de l'histoire de la révolte des Maccabées. Quant à 4 Maccabées, il traite des martyrs maccabéens et 3 Maccabées, qui n'a aucun lien historique avec la période maccabéenne, tire son nom du fait qu'il traite d'une autre persécution des Juifs.
L'encyclopédie catholique explique plus en détail pourquoi 3 et 4 Maccabées n'ont pas été inclus dans le canon biblique :
III Mach. est l'histoire d'une persécution des Juifs en Égypte sous Ptolémée IV Philopator (222-205 av. J.-C.), et n'a donc pas droit à son titre. Bien que l'ouvrage contienne de nombreux éléments historiques, l'histoire est une fiction. IV Mach. est un traité philosophique judéo-stoïque sur la suprématie de la raison pieuse, c'est-à-dire des principes religieux, sur les passions. Le martyre d'Eléazar et des sept frères (2 Maccabées 6,18-7) est introduit pour illustrer la thèse de l'auteur. Aucun des deux livres ne prétend à la canonicité, bien que le premier ait reçu pendant un certain temps une considération favorable de la part de certaines Eglises.
En outre, en compilant le canon biblique, les bergers de l'Église, par un processus de discernement spirituel et d'enquête sur les traditions liturgiques de l'Église répandues dans le monde entier, ont dû tracer des lignes claires de distinction entre les livres qui sont vraiment inspirés par Dieu et ceux qui ne le sont pas, y compris si des extraits de ces livres étaient proclamés à la messe dans l'Église primitive, ainsi que lus et prêchés par ailleurs. Les livres 3 et 4 des Maccabées n'ont pas été retenus.