Malgré sa croyance en l'animation différée et en l'incarnation, l'Aquinate a toujours enseigné que l'avortement était répréhensible dès le moment de la conception. Il estimait qu'il s'agissait d'un péché mortel exprimant une volonté homicide, même si, comme il le pensait, un homicide n'est pas réellement commis au début de la grossesse.

L'opposition de l'Aquinate correspond donc parfaitement à l'enseignement de l'Église, même s'il existe une différence entre les raisons pour lesquelles l'Aquinate pensait que l'avortement était mauvais et les raisons pour lesquelles les théologiens et moralistes catholiques pensent aujourd'hui qu'il l'est.

Pourquoi l'Aquinate croyait-il que l'incarnation se produisait quelque temps après la conception ? Parce qu'il acceptait la science de son époque, qui enseignait la théorie de la génération spontanée de la vie (l'idée que la vie naît spontanément de la matière non vivante).

Appliquée à la reproduction humaine, cette théorie suggère que les éléments (apparemment) non vivants apportés par chaque parent - la "matière fœtale" dans le cas de la mère et le liquide séminal dans le cas du père - se transforment successivement en vie végétative, animale et enfin humaine.

Chacune de ces étapes était considérée comme résultant de l'infusion d'une âme : la vie végétative par l'infusion d'une âme végétative, la vie animale par l'infusion d'une âme animale et la vie humaine par l'infusion d'une âme humaine.

Puisque, selon l'Aquinate, l'âme est la forme du corps - ce qui donne la vie et fait d'un organisme le type de créature qu'il est - si un organisme possède des qualités distinctement humaines, nous pouvons conclure qu'il possède une âme humaine.

Comme les premiers scientifiques n'ont rien observé de distinctement humain aux stades primitifs du développement humain (ils ne connaissaient pas la génétique et ne possédaient pas de microscopes), on en a conclu qu'il n'y avait pas d'âme humaine.

La biologie moderne a montré que le conceptus possède des traits distinctifs de l'être humain. Il est vivant et possède un code génétique humain qui guide sa croissance et son développement. Si l'Aquinate avait bénéficié de ces connaissances, ses principes l'auraient amené à conclure que l'incarnation a lieu au moment de la conception.